凹印在医用纸塑袋成品率方面同其他印刷方式相比有着明显的不足。同样为轮转方式的薄膜印刷，机组式凹印机的损耗为6%～7%，而卫星式柔印机的损耗仅为1%～2%，差异之大令人震惊。
即使同为机组式轮转医用纸塑袋印刷方式，由于纸路长短的关系，凹印机比柔印机的损耗也要高许多，仅换卷一项而言，虽然都需要2～3个纸路的损耗，但由于凹印机的纸路明显比柔印机的纸路要长，所以损耗就要高出不少。
这还不包括由于医用纸塑袋凹印的印刷压力是各种印刷方式中大的，因此凹印机各色组在机械同步速度上的损失也是大的，由此造成凹印在套印不准上存在大量损失；同时，也不包括凹印由于上墨方式的影响，刀丝（或称刀线）只能暂时解决但无法 而造成的质量损耗。
